Marco Gandini nasce a Vicenza nel 1966, dove compie gli studi di liceo classico e frequenta l'Università di Roma "La Sapienza" laureandosi in Lingue e Letterature Straniere. Inizia l’attività teatrale come mimo in opere di Giorgio Marini, Sylvano Bussotti e Giancarlo Cobelli. Nel 1990 e 1991 è assistente alla regia al Teatro dell’Opera di Roma, sia per le stagioni invernali sia per quelle estive alle Terme di Caracalla.
In seguito ha affiancato, come aiuto regista, Lofti Mansouri, Giuliano Montaldo, Mauro Bolognini, Pier Luigi Pizzi, Hugo de Ana, Nuria Espert. Dal 1992 inizia una costante collaborazione, sia per il teatro sia per il cinema, con Franco Zeffirelli. Negli ultimi anni ha curato riprese e nuovi allestimenti per Graham Vick.
Nel 1997 debutta come regista con un nuovo allestimento di Gianni Schicchi al Filarmonico di Verona, ripreso successivamente nella stessa Verona e a Palermo. Seguono le regie di altri nuovi allestimenti: Tabarro a Verona, La Lupa di Marco Tutino a Palermo, L’amico Fritz a Catania e Verona, Gianni Schicchi in un altro nuovo allestimento per il tour in Giappone del Teatro Comunale di Bologna, ripreso poi in stagione a Bologna, Tancredi a Piacenza, Reggio Emilia, Modena e Ferrara, La Zingara di Donizetti, Le Due Contesse, Il Duello Comico e I Giuochi d’Agrigento di Paisiello, e Don Bucefalo di Cagnoni al Festival della Valle d’Itria di Martina Franca, Il Barbiere di Siviglia e La Gazzetta di Rossini al Garsington Opera Festival in Inghilterra, Cavalleria Rusticana e La Vida Breve di De Falla a Livorno, per l’inaugurazione del Teatro Goldoni alla presenza del Presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi, La Traviata a Genova, Brescia, Bergamo, Cremona, Pavia, Sassari, La Finta Semplice di Mozart al Teatro Malibran di Venezia,